Pierwszy sekretarz naukowy APE z Politechniki Gdańskiej – Lesław Olbrycht miał w zwyczaju przeczytać każdy artykuł, strona po stronie, zweryfikować poprawność formy i dopiero wówczas tak przygotowany materiał z nadchodzących prac tworzył materiały drukowane przekazywane uczestnikom konferencji.
Drugim sekretarzem naukowym został Jacek Klucznik. Sekretarz wraz z przewodniczącym komitetu naukowego ustalali podział i zakres poszczególnych sekcji oraz podsekcji. Ponadto sekretarz jest odpowiedzialny za ułożenie programu konferencji oraz obrad.
Od 2015 roku sekretarzem naukowym jest Marcin Jaskólski.
Sekretarzem naukowym Konferencji APE'19 po raz kolejny został Jacek Klucznik.